簡潔にまとめさせた

東京都で新車買うなら、軽よりプリウスPHEVの方が安い可能性あるぞ。

【5年保有・売却込みの実質負担】
プリウスPHEV G：約2.0万円／月
ガソリン軽：約2.7万円／月

補助金と税優遇がデカすぎて、5年間ならプリウスの方が月7千円ほど安い計算。

【10年保有】
プリウスPHEV G：約2.26万円／月
ガソリン軽：約2.37万円／月

10年乗ってもプリウスの方が若干安い。

ただし、PHEVは5年後のリセールが高く残る前提。東京都の補助金を満額受けられる人限定の話。
結論、東京都では「軽だから安い」とは限らない。