まぁ結局の所、車高なり吸排気なり車いじるような奴は元々ディーラー車検なんて関わらないし
パーツ交換も自分で出来るし、お抱えの整備工場とか使ってるでしょ
車買って公式ディーラーなんて関わるのはリコール案件ぐらいかな

因みにリコールに関しては保安基準の関係上、入庫禁止車と判断されていたとしても安全を優先して作業させて頂きますと以前ディーラーで念押し確認を取った事がある
明らかな違法改造車は無理にしても、民間車検で通るような車両ならリコール対応は問題ないよ