前スレで2000rpm辺りのモタつきについて色々質問させてもらった者だけど、先程解決。それと共にいつでも再現可能になったので、助言をくれた人へ感謝の意味も込めて書き記しとく。

1.ロックアップしてる。
2.MTモードでのシフトアップは回転数と速度も関係してる。

この2点を教えてくれた2名に感謝するよ。
原因というか仕様だけど、試しにMTモードで2速固定モード発進してみた。
すると、2000rpm 超えても3速へシフトアップ出来なかった（再現率は100%）
つまり、2速発進時でも、きっちり2000rpm付近で最初のロックアップ処理を行なっているっぽい。その為2000rpm辺りで若干回転数が下がる。
その動作が終われば晴れて正式に2速のロックアップが完了し、3速に上げることが出来る。
良くも悪くもスカイアクティブは愚直な機構だね。
長々とすまん。気になってた人は試してみてほしい。