殿様の移動ともなれば大勢の家来が同行するし、そんな人数を収容できる建物は当時は寺しかない
あと信長の比叡山焼き打ちは前代未聞の悪行みたく言われてるが信長以前にも比叡山は足利六代将軍義教にも焼かれてる