MTに限定すると

ヤリス MT
1.5Lエンジンなので普通に速いです。
発進が楽
高速の追い越しが楽
トルクに余裕がある
MT初心者でも乗りやすい部類です。
ただし、車好きからは
「速いけど少し味気ない」
と言われることがあります。

スイフト MT
パワーはヤリスより低いですが、
車体が軽い
シフトフィールが良い
コーナリングが気持ちいい
ので運転の楽しさが高いです。
昔から「国産コンパクトMTのお手本」みたいな評価を受けることが多い車です。

どちらが楽しい？
一般的には
スイフトMT ＞ ヤリスMT

どちらが速い？
一般的には
ヤリスMT ＞ スイフトMT

例えるなら、
ヤリスMT → 余裕のある実用スポーツ
スイフトMT → パワーは少ないが操る楽しさ重視
もし山道やワインディングを走るのが好きならスイフトMTの評価が高く、通勤や長距離移動も含めて万能なのはヤリスMTです。なお、本格的なスポーツ走行まで考えるなら、別格として トヨタ GRヤリス や スズキ スイフトスポーツ が比較対象になります。