CDの44.1kHzは昔のアナログ放送のPAL規格とかから引き継いでいて、人間の可聴域ならこれで十分やろという数字。周波数上げると上げただけCD一枚の録音時間が減るので、バランス取って決まった。
でも高音には微妙に足りんなということで(あとCD時代のコピー対策の都合もあって)、その後のDATとかDVD以降の規格は48kHzになった。こっちはFM放送とか由来の数字。
音質にこだわって実装するなら周波数変換を避け音源の周波数のまま出力するべきところだが、変換による音質劣化に気付く人は少ないので、面倒を避けてマツコネが48kHzで出力を固定しているとしてもおかしなことではない。
PCも音源の周波数に出力が追従しないのは同じだが、出力デバイスの設定を手動で44.1kHzに切り替えることはできると思う。