ヤリスクロスのプロトタイプとして公表されているボディサイズは、全長が4,180mm、全幅は1,765mm、全高は1,560mm。全幅が1,700mmを超えるために3ナンバー車になり、ボディの大きさをヤリスと比べると240mm長く、70mmワイドで、60mm高い。

また、ホイールベースは2,560mmとヤリスに比べて10mm長いが、これはヤリスクロスのプロトタイプが左ハンドルの海外仕様のために計測方法が異なるからだ。ホイールベースを10mmだけ伸ばしても、居住性や走行安定性はほとんど変わらない。
したがって、日本国内でヤリスクロスが販売されるときには、ホイールベースはヤリスと同じ2,550mmになる可能性がある。

さらに、全高の1,560mmも変更されることが考えられる。日本の立体駐車場の事情を考えると、全高を1,550mm以下に抑えたほうが利用しやすいからだ。トヨタ「C-HR」やマツダ「CX-30」、スバル「XV」などのシティ派SUVも、全高は1,550mm以下になっている。