順番的には
上位ラスボスを倒す→HRを上げて上位の特別任務かササっとIBに突入してMR1からストーリースタート→ストーリを進めてIBのラスボスまでクリア→クリア後の解放要素と特別任務を解放された順番に進めていく
でいいと思う