どういう回転制御になってるのかは詳しくないけど
たぶん吸気温度（モーターコイルや軸受け温度）が上がらなければ寿命はそれほど変わらないかなぁという思い込みしてます
12vのパルスを間引きして60％にする制御なら100％で廻しても定格固定運転のほうがコイルや軸受けの負荷少ないかなぁと
もちろんベアリングには寿命ってあるでしょうけど回転数制御系のスイッチングのほうが寿命速そうな気が。
静音ＰＣ作ってた頃にPWMファン使って、低速で連続運転したらまずファンが先に故障した思い出（排気温度も高かったけど）