まず秘密鍵持ってるサーバが外部からアクセスできた、というのが考えられないな
外からアクセスする必要もないものをオンラインに置いてたというのは不自然
もう一つは、気づかなかったとすればBTC残高を把握してなかったことになるが、
決済システムで各種残高は必要な情報であるから、これを集計してなかったというのも不自然