横領をしてなくても、コインチェックが保有してない仮想通貨を売っていたなら
保有してない仮想通貨を売る→仮想通貨が値上がり→客が利確出金→コインチェックは保有してない仮想通貨の値段分の現金を失う
を繰り返して内部に現金は残ってないんじゃないかな