【質問】
50万円で買った1BTCが200万円になったので50万円分(0.25BTC)だけ売りました。
投資額と同じ50万なので利益は0ですよね？非課税ですよね？

【回答】
利益は37.5万円なので課税対象です。

投資額が何円でも、売った0.25BTCの取得価格だけが利益計算時における費用になります。
(売却時の1枚分の価格 - 購入時の1枚分の価格) * 売却枚数 = 損益 です。

質問例では
(200万 - 50万) * 0.25 = 37.5万
となるので37.5万円の利益です。