マカフィーは2008年ごろから、イギリスの旧植民地であるベリーズのリゾート地・アンバーグリス・キー島に住んでおり、近隣住民からは、銃と若い女が好きな変わり者として疎まれていた[10]。
2011年11月11日、マカフィーの隣に住むアメリカ人男性が自宅で首を撃たれて死亡しているのが発見され、以前より被害者と揉めていたマカフィーが重要参考人として指名手配された[11]。
この数か月前にも、ベリーズ警察は武器の不法所持と不法薬物の製造の件でマカフィーの身柄拘束と家宅捜索を行なっているが、
マカフィー自身は重症の薬物依存者であったことを認めながらも1983年以降は薬物を断っており[10]、地元政治家への献金を拒んだための報復だと主張していた[11]。
被害者の隣人は生前、マカフィーの飼っている凶暴な犬や攻撃的な武装警備員についての苦情の手紙を市長に送り、地元当局に対策を求めていた[12]。
マカフィーはこの隣人に飼い犬たちが毒を盛られていると疑い、自らの手で飼い犬を射殺していた[12]。

捜査中は自宅敷地内で砂の中に体を埋め、息をするため頭だけ出して段ボールをかぶって隠れ[11]、
その後3週間に渡って20歳の恋人とベリーズ国内を逃走[13]、同年12月、不法入国の疑いでガテマラの拘留施設に収監された[12]。
亡命申請は拒否されたが[12]、ベリーズへの引き渡しは免れ、アメリカへ送還された[13]。
マカフィーはベリーズに引き渡されたら殺されると主張していたが、ベリーズの首相はパラノイアの妄想であると一蹴した[10]。