似たような業界で入出金周りやってたから
分かるけど、この手の入出金はこういう感じでやってる。

1 客が口座に入金
2 業者は銀行口座の明細から入金客を特定
3 入金客が特定できたらその客のアカウントの残高を増やす

何らかの理由で2が不可能なときは、
その資金は顧客勘定に入れず調査待ちとなる。
今回は2の部分でその特定をミスってるか、誤って2回、特定作業を走らせてしまいダブったのかも。
他人の勘定に入れるべき入金を入れてしまった場合は厄介で、これ幸いと
誤入金された資金を使われるのを防ぐためにそいつの口座を一時凍結せざるを得ずとんだとばっちりを食らうことになる。
まぁこういう事故を防ぐためにいろんな仕組みを作るわけだが……まともな金融業者なら。