チェーンの分岐以後に取引が止まるのは、予期しうることで、
チェーンが分岐してから取引をして、その後「最長のチェーン」が変わった場合には最近の取引はなかったことになる可能性がある
なので普通は、取引がチェーンに取り込まれてからある程度チェーンが伸びるのを待つ（confirmationの数字が増えるのを待つ）。

偶然、ブロックが複数同時に採掘されて分岐したような場合には、ブロードキャストされた取引はしばらくはどちらのチェーンにも取り込まれることが多く、あまり問題にはならない
ただ、未処理取引が多いBTCの場合はわからんがね。