まず一番簡単な方法、全部フィアットに変えて納税。
でもこれはBTC/ETH以外は非現実的。

フィアットに変えた分+クロス取引でオルトコイントレードの利益を確定する。
年末保有時点PFの取得総額=オルトコイントレードの確定利益合計額なので
(年末時点の時価総額じゃないので注意)
元本からフィアット利益+アルトコイントレード利益の計算は簡単。
取得価格総額が把握出来てるコインはクロス取引不要。

クロス取引する際の注意点
取得総額を確定したいコインの全保有数をクロス取引する
過疎ってる取引所でクロスする場合、他の主要取引所の価格変動の範囲内で
クロス取引を行わないとそれは有効な価格と見なされないと思われる。
この場合、計算時にクロス取引は無かったことにされるだろう。
全数なのでかなり取引手数料が掛かるので注意。
他者やBOTに板を喰われないように注意。