日銀のウェブサイトより引用
現在、日本銀行は、一万円券、五千円券、二千円券、千円券の4種類の日本銀行券を発行しています。
http://www.boj.or.jp/note_tfjgs/note/outline/index.htm/

今は紙幣で発行されているものが電子通貨として発行されるようになれば、仮想通貨と言っても間違いではないと思うな
通貨発行権だから金融政策にも影響するし、そう簡単に旧来の制度が変わるとは思えないけど