「いずれにせよ」は、「ヒカルの碁・伍と碁のどちらにせよ」の意味ではなく、「当時の状況がどうであったにせよ」の意味に思える。
「腐」は「腐女子」ではなく「普通の読者」の意味に思える。

ヒカルの碁の頃は、リアリティの部分でツッコミを入れるような囲碁愛好家よりも、普通の読者の割合が多かった。
あるいは、ネットの言論の空気が今ほど批判的ではなかった。
どちらなのかは覚えていないが、いずれにせよ、ヒカルの碁の頃はリアリティの有無を批判する声はそれほど目立たなかった。

ところが現在の伍と碁では、リアリティの有無を批判する声が目立つ。
ということは、この作品では普通の読者の割合があまり高くなく、囲碁愛好家の割合が多いんだろう。

そんな意味なんじゃないだろうか