>もしかして表示しない設定をお知らせごとに個別に保存してるの？

そうっぽい
ブラウザの localStorage にBannerDialog って名前で設定保存してるけどメッセージのID毎に「もう表示しない」を覚えてる
保存されてないIDのメッセージだったら表示される

ちなみにうちのプロバイダも「通知不要」にしててもしょっちゅう「これは大事なキャンペーンのお知らせだから」ってメール送って来るよ親切だね